UEFA Avrupa Ligi yarı final ilk maçındaBenfica'yı 1-0 mağlup ederek Amsterdam'dakifinale göz kırpan Fenerbahçe, bu sezonAvrupa kupalarında en çok puan toplayantakım oldu.
20 maç puanı alan Fenerbahçe, 18 puantoplayan Borussia Dortmund ve 17'şer maçpuanı toplayan Bayern Münih, Benfica, Laziove Rubin Kazan gibi takımları da ardındabıraktı.
Sezona şampiyonlar ligi elemeleriyle başlayansarı-lacivertliler, Spartak Moskova'ya elendikten sonra dahil olduğu Avrupa Ligi'nde oldukça başarılı bir görüntü sergiledi.Fenerbahçe, grup aşamasında 4 galibiyet, 1beraberlik ve 1 mağlubiyet alırken, Bate Borisov, Viktoria Plzen ve Lazio karşılaşmalarından 3galibiyet, 3 beraberlik çıkardı.
Benfica'yı yenerek final yolunda önemli bir engeli daha aşan Fenerbahçe, UEFA sıralamasında bu sezon hanesine 20 puan yazdırdı. Ülke katsayısı ve bonuslarla birlikte toplanan puan 24.04oldu. Sarı-lacivertliler böylece bu sezonki başarılı performansıyla son 4 yılda topladığı puanbarajını da aştı. Fenerbahçe, 2008-09 sezonundan bu yana 4 yılda toplam 22 puan toplamıştı.
Fenerbahçe'nin Benfıca karşısında aldığı galibiyet, ülke sıralamasına da olumlu katkı yaptı. Sarı-lacivertliler'in aldığı galibiyet sayesinde Türkiye, 34 bin puanlı Yunanistan ve Belçika'yı geride bırakarak puanını 34 bin 500'e yükseltti ve Avrupa sıralamasında ilk 10'a girmeyi başardı. Buna karşın son 5 yıllık puan barajı değerlendirilmeye alındığı için Türkiye, 2013-14 sezonuna 11. sırada başlayacak.